법인세 세무조사의 점검 항목
법인세 조사는 신고한 소득금액(익금에서 손금을 뺀 금액)이 장부와 거래자료로 설명되는지 확인합니다. 일반적으로 다음 항목이 점검 대상이 됩니다.
| 점검 항목 | 확인하는 자료 | 쟁점 예시 |
|---|---|---|
| 매출·수익 귀속 | 세금계산서, 계약서, 입금 내역, 장부 | 매출 누락, 귀속시기 오류 |
| 비용 증빙 | 세금계산서, 카드·현금영수증, 계약서, 지출결의서 | 증빙 미비, 업무 관련성 |
| 인건비 | 급여대장, 원천징수 자료, 4대보험 자료 | 실제 근무 여부, 지급의 실질 |
| 특수관계자 거래 | 계약서, 가격 산정 근거, 대금 수수 내역 | 시가와 다른 거래(부당행위계산 부인) |
| 자금 거래 | 가지급금·가수금 원장, 금융거래 내역 | 대표자 자금과의 혼재, 이자 처리 |
| 신고서 정합성 | 법인세 신고서, 세무조정계산서, 재무제표 | 신고 소득금액과 장부의 불일치 |
매출·비용 증빙을 점검하는 방법
- 매출은 세금계산서 발행분, 현금 수입, 계좌 입금을 월별로 대조해 누락 여부를 봅니다.
- 비용은 증빙의 종류와 거래 상대방, 지출 목적이 한 묶음으로 설명되는지 확인합니다.
- 증빙이 약한 비용은 거래 경위를 보여주는 다른 자료(계약서, 이메일, 금융 내역)를 함께 모아 둡니다.
회계장부와 거래자료 대조 순서
- 신고서의 수익·비용 금액을 재무제표와 맞춥니다.
- 재무제표를 계정별원장으로 풀어 큰 금액의 거래를 표시합니다.
- 표시한 거래를 세금계산서·계약서·금융 내역에 연결합니다.
- 연결되지 않는 거래는 소명 자료로 따로 정리합니다.
법인세는 각 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고·납부하는 것이 원칙입니다(12월 말 결산법인은 다음 해 3월 31일).
특수관계자 거래 관련 자료
대표자·임원·가족, 계열 법인과의 거래는 가격과 조건이 시가와 다르게 정해질 수 있어 세법상 부당행위계산 부인 여부가 쟁점이 됩니다. 거래 시점의 계약서, 가격 산정 근거(감정평가·비교 거래 등), 대금 수수 내역을 갖춰 두면 설명이 수월합니다.
법인사업자 준비 체크리스트
- 사업연도별 법인세 신고서와 세무조정계산서
- 재무제표, 계정별원장, 총계정원장
- 세금계산서 합계표와 거래명세서
- 주요 거래처 계약서와 대금 지급 증빙
- 가지급금·가수금 원장과 약정서
- 특수관계자 거래 내역과 가격 산정 근거
- 급여대장과 원천징수 신고 자료
모든 자료가 모든 조사에 필요한 것은 아닙니다. 통지서의 세목·기간과 서면 요청 내용에 맞추어 준비하세요. 절차 전반은 세무조사 대응에서 확인할 수 있습니다.
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최종수정일: · 2026년 기준, 국세기본법 등 현행 법령과 국세청·국가법령정보센터 자료를 확인해 작성했습니다. 개별 사건에는 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.
법인세 세무조사 자주 묻는 질문
법인세 세무조사는 어떤 자료를 가장 먼저 보나요?
법인세 신고서와 재무제표, 회계장부, 계정별원장을 가장 먼저 대조합니다. 여기에 매출·매입 세금계산서, 금융거래 내역, 계약서를 연결해 신고 소득금액이 거래의 실질과 맞는지 확인하는 것이 일반적인 흐름입니다.
법인세 신고기한은 언제인가요?
법인세는 각 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고·납부하는 것이 원칙입니다. 12월 말 결산법인은 다음 해 3월 31일까지입니다. 조사 대상 사업연도의 신고서와 첨부 서류를 함께 점검해야 합니다.
특수관계자와의 거래는 왜 조사에서 중요한가요?
특수관계자 거래는 가격이나 조건이 시가와 다르게 정해질 수 있어 세법상 부당행위계산 부인 여부가 쟁점이 되기 때문입니다. 계약서, 가격 산정 근거, 대금 수수 내역을 거래 시점 기준으로 갖춰 두면 설명이 수월합니다.
법인 자금과 대표자 개인 자금이 섞여 있으면 문제가 되나요?
문제가 될 수 있습니다. 가지급금·가수금 처리, 업무와 관련 없는 지출, 대표자 개인 사용분 등은 조사에서 자주 확인되는 항목입니다. 자금 이동마다 사유와 증빙, 회계처리가 연결되는지 조사 전에 정리해 두세요.
법인세 세무조사 결과에 이의가 있으면 어떻게 하나요?
결과통지 또는 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 세금이 고지되면 처분을 안 날부터 90일 이내에 이의신청·심사청구·심판청구 중 적용 가능한 절차를 선택할 수 있습니다. 자세한 비교는 세무조사 후 조세불복 페이지에서 확인할 수 있습니다.